Se faculta al Secretario para que, conjuntamente con la Oficina de Gerencia y Presupuesto gubernamental, y con la aprobación del Gobernador, establezca la organización interna del Departamento, pudiendo para ello reorganizar, consolidar, modificar, abolir o suprimir los programas, actividades y unidades existentes, así como crear nuevas unidades, pero sujeto a que no se elimine ningún programa establecido por ley sin el consentimiento de la Asamblea Legislativa. Se dispone que en la organización y reorganización podrán transferirse al Departamento, funciones, programas o actividades de las agencias o corporaciones públicas adscritas y viceversa.
Se dispone que el Secretario podrá transferir o distribuir entre los diversos organismos, corporaciones, administraciones, divisiones o dependencias que forman parte o están adscritos al Departamento, los poderes, deberes, funciones, programas, actividades, facultades, contratos, obligaciones, exenciones y privilegios asignados, a los programas, actividades o unidades existentes, incluyendo los programas que se rigen por legislación federal. Se faculta al Secretario a dotar las funciones, programas o actividades que se transfieren o distribuyan, con las propiedades, de cualquier naturaleza, que sean necesarias o apropiadas para su funcionamiento.
A esos fines, el Secretario podrá delegar en cualesquiera funcionarios del Departamento para que lleven a cabo todas las gestiones relacionadas con la referida transferencia. Se adoptarán las medidas necesarias para asegurar que el Departamento y sus dependencias asuman la dirección y administración de los programas, servicios, unidades, divisiones y dependencias sin que éstos se interrumpan o se afecten los servicios que ofrece el Departamento.