La autoridad suprema en cuanto a la dirección del Negociado de Investigaciones Especiales será ejercida por el Gobernador de Puerto Rico, pero la administración y dirección inmediata de la organización estará delegada en el Secretario del Departamento de Seguridad Pública de Puerto Rico.
Se crea el puesto de Comisionado del Negociado de Investigaciones quien estará a cargo de las operaciones diarias del Negociado. El Comisionado será nombrado por el Gobernador de Puerto Rico con el consejo y consentimiento del Senado de Puerto Rico. La posición de Comisionado del Negociado de Investigaciones Especiales será clasificada bajo el servicio de confianza y la persona nombrada ocupará el cargo a discreción del Gobernador.
La persona que dirija el Negociado de Investigaciones Especiales será abogada o abogado, admitida(o) al ejercicio de la profesión legal por el Tribunal Supremo de Puerto Rico o por la entidad con la facultad de admitir al ejercicio de la profesión legal en cualquiera de las jurisdicciones de Estados Unidos de América y contará con por lo menos cinco (5) años de experiencia en el ejercicio de la profesión de abogado en el campo criminal; o un(a) funcionario(a) con no menos de diez (10) años de experiencia en el ámbito de la investigación criminal. Además, deberá poseer conocimiento y destrezas en administración.