La autoridad suprema en cuanto a la dirección del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres será ejercida por el Gobernador de Puerto Rico, pero la administración y supervisión inmediata estará delegada en el Secretario del Departamento de Seguridad Pública del Gobierno de Puerto Rico.
Se crea el cargo de Comisionado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres quien estará a cargo de las operaciones diarias del Negociado. El Comisionado del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres será nombrado por el Gobernador, con el consejo y consentimiento del Senado de Puerto Rico. La posición de Comisionado del Negociado será clasificada bajo el servicio de confianza y la persona nombrada ocupará el cargo a discreción del Gobernador. Empero, la persona que ocupe este cargo evidenciará haber obtenido, como mínimo, un grado académico de maestría de una institución universitaria debidamente acreditada y deberá tener conocimiento y destrezas en administración o contar con no menos de cuatro (4) años de experiencia en asuntos de seguridad, manejo de emergencias y administración de desastres.
El Comisionado del Negociado de Manejo de Emergencias y Administración de Desastres establecerá por reglamento el orden de sucesión en caso de su ausencia, incapacidad o muerte.