La Junta someterá anualmente a la Asamblea Legislativa, a través de la Oficina del Gobernador, un presupuesto de gastos de operaciones y de inversiones de capital que demuestre un cuadro de probables ingresos y de un programa de desembolsos basados en un plan de trabajo y de servicios a prestar por el Centro para el próximo año fiscal. Disponiéndose, que dicho presupuesto no será contabilizado como parte del cálculo del presupuesto general de la Universidad de Puerto Rico.
La Junta establecerá los controles fiscales, presupuestarios y de costos que sean necesarios para mantener el presupuesto dentro de los límites de los ingresos anticipados para no incurrir en deficiencia.